SISTEMA DE INFORMACIÓN PARA EL MANEJO DE DATOS MOLECULARES EN CAFÉ: II. DESARROLLO DE BASES DE DATOS

Abstract

Cenicafé ha realizado el desarrollo de una plataforma de Bioinformática para el almacenamiento, análisis y fácil accesibilidad de los datos del proyecto de estudio del genoma del café, la broca y el hongo Beauveria bassiana. Los proyectos que involucran la construcción de librerías de cDNA y el desarrollo de secuencias de ESTs tienen como objetivo general obtener el catálogo de genes de una especie en particular. En el presente trabajo se describen las bases de datos desarrolladas en Cenicafé y las estadísticas de las secuencias depositadas en las mismas hasta Mayo del 2007. Estas bases de datos incluyen las correspondientes al análisis de “Trancript Assemblies” a partir de secuencias de ESTs, marcadores moleculares microsatélites (SSRs) y BES (BAC-End sequences). El sistema desarrollado tiene implementadas para su acceso interfaces Web, de fácil acceso y utilización por parte de los investigadores del proyecto de estudio de genoma desde cualquier computador de Cenicafé a través de un sistema de autenticación que permite mantener la seguridad de los datos. El sistema desarrollado permite un amplio crecimiento y el acceso a la información actualizada de cada especie estudiada en forma rápida y eficiente.

Cenicafé has developed a Bioinformatics platform for the storage, analysis and easy accessibility of data from the coffee genome study project, the coffee borer and the Beauveria bassiana fungus. Projects that involve the construction of cDNA libraries and the development of EST sequences have the general objective of obtaining the gene catalog of a particular species. This work describes the databases developed at Cenicafé and the statistics of the sequences deposited in them until May 2007. These databases include those corresponding to the analysis of “Transcript Assemblies” based on sequences of ESTs, markers molecular microsatellites (SSRs) and BES (BAC-End sequences). The developed system has Web interfaces implemented for access, easy to access and use by the researchers of the genome study project from any Cenicafé computer through an authentication system that allows data security to be maintained. The developed system allows broad growth and access to updated information on each species studied quickly and efficiently.